После победы над Боузером и спасения Бруклина Марио сталкивается со злобным альянсом Варио и Боузера-младшего. Теперь вместе со своими друзьями и Йоши он должен помешать их планам по завоеванию мирового господства.
Разные группировки борются за власть в замороженном мире. Одинокий охотник за головами, оказавшийся в центре событий, спасает маленькую девочку, которая поможет ему искупить свое прошлого.
Братья-водопроводчики Марио и Луиджи открывают портал в подземный город, из которого должны вызволить пленённую принцессу Пич и сразиться с заклятым врагом Боузером.
Семейство крякв находится в затруднительном положении: пока отец Мак Маллард доволен тем, что его родные всегда будут в безопасности, живя в пруду в Новой Англии, мама Пэм стремится встряхнуть их и показать своим детям — сыну-подростку Даксу и маленькой дочке Гвен — каким большим и многогранным может быть мир.